/[genomes]/quickload/species.txt
ViewVC logotype

Diff of /quickload/species.txt

Parent Directory Parent Directory | Revision Log Revision Log | View Patch Patch

revision 229 by pkulzer, Tue Feb 18 19:06:17 2025 UTC revision 230 by pkulzer, Tue Jul 22 15:23:31 2025 UTC
# Line 1  Line 1 
1  Cannabis sativa CBDRx   Cannabis sativa CBDRx   C_sativa_CBDRx  Aedes albopictus        Asian tiger mosquito    A_albopictus
2  Solanum tuberosum Group Phureja clone DM1-3     potato doubled monoploid        S_tuberosum_DM  Ailuropoda melanoleuca  Giant panda     A_melanoleuca   ailMel  Ailuropoda_melanoleuca
3  Chlorocebus sabaeus     African green monkey    C_sabaeus  Alligator mississippiensis      American alligator      A_mississippiensis      allMis
4  Anguilla rostrata       American eel    A_rostrata  Anguilla rostrata       American eel    A_rostrata
5    Anolis carolinensis     Anole lizard    A_carolinensis  anoCar  Anolis_carolinensis
6    Anopheles gambiae       Mosquito        A_gambiae       anoGam
7    Apis mellifera  European honey bee      A_mellifera     apiMel
8    Aplysia californica     California sea hare     A_californica   aplCal
9    Apteryx australis       Brown kiwi      A_australis     aptMan
10    Aquila chrysaetos canadensis    Golden eagle    A_chrysaetos_canadensis aquChr
11    Aquilegia coerulea      Colorado blue columbine A_coerulea
12    Arabidopsis lyrata      Lyrate rockcress        A_lyrata
13    Arabidopsis thaliana    Mouse-ear cress A_thaliana      araTha
14    Arbacia punctulata      Purple-spined sea urchin        A_punctulata
15    Balaenoptera acutorostrata      Minke whale     B_acutorostrata balAcu
16    Bison bison bison       Bison   B_bison_bison   bisBis
17    Bos taurus      Cow     B_taurus        bosTau  Bos_taurus
18    Brachypodium distachyon Purple false brome      B_distachyon
19    Branchiostoma floridae  Lancet  B_floridae      braFlo
20    Brassica rapa   Field mustard   B_rapa
21    Caenorhabditis brenneri C. brenneri (nematode)  C_brenneri      caePb
22    Caenorhabditis briggsae C. briggsae (nematode)  C_briggsae      cb
23    Caenorhabditis elegans  C. elegans (nematode)   C_elegans       ce      Caenorhabditis_elegans
24    Caenorhabditis japonica C. japonica (nematode)  C_japonica      caeJap
25    Caenorhabditis remanei  C. remanei (nematode)   C_remanei       caeRem
26    Callithrix jacchus      Common marmoset C_jacchus       calJac  Callithrix_jacchus
27    Callorhinchus milii     Elephant shark  C_milii calMil
28    Camelina sativa DH55    False flax      C_sativa_DH55
29    Candida albicans SC     Yeast (Human Flora) SC  C_albicans_SC5314
30    Candida albicans WO     Yeast (Human Flora) WO  C_albicans_WO-1
31    Canis lupus familiaris  Dog     C_familiaris    canFam  Canis_familiaris
32    Cannabis sativa CBDRx   Cannabis sativa CBDRx   C_sativa_CBDRx
33    Capitella teleta        Capitella teleta        C_teleta
34    Capsella rubella        Red shepherd's purse    C_rubella
35    Carica papaya   Papaya  C_papaya
36    Cavia porcellus Guinea pig      C_porcellus     cavPor  Cavia_porcellus
37    Ceratotherium simum     White rhinoceros        C_simum cerSim
38    Chlamydomonas reinhardtii       motile single-celled green alga C_reinhardtii
39    Chlorocebus sabaeus     African green monkey    C_sabaeus       chlSab
40    Choloepus hoffmanni     Two-toed sloth  C_hoffmanni     choHof  Choloepus_hoffmanni
41    Chrysemys picta Painted turtle  C_picta Chrysemys_picta chrPic
42    Citrus clementina       Clementine mandarin     C_clementina
43    Citrus sinensis Sweet orange    C_sinensis
44    Ciona intestinalis      Vase tunicate (sea squirt)      C_intestinalis  ci      Ciona_intestinalis
45    Ciona savignyi  Pacific sea squirt      C_savignyi      Ciona_savignyi  C. savignyi
46    Cricetulus griseus      Chinese hamster C_griseus       criGri  criGriChoV
47    Cucumis sativus Cucumber        C_sativus
48    Dama dama       Fallow deer     D_dama
49    Danio rerio     Zebrafish       D_rerio danRer  Danio_rerio
50  Daphnia magna   water flea      D_magna  Daphnia magna   water flea      D_magna
51  Daphnia pulex   water flea      D_pulex  Daphnia pulex   water flea      D_pulex
52  Hypsibius exemplaris Z151       water bear      H_exemplaris_Z151  Dasypus novemcinctus    Nine-banded armadillo   D_novemcinctus  dasNov  Dasypus_novemcinctus
53  Ramazzottius varieornatus YOKOZUNA-1    tardigrade water bear   R_varieornatus_YOKOZUNA-1  Dictyostelium discoideum        slime mold      D_discoideum
54  Capitella teleta        Capitella teleta        C_teleta  Drosophila ananassae    D. ananassae (fruit fly)        D_ananassae     droAna
55    Drosophila erecta       D. erecta (fruit fly)   D_erecta        droEre
56    Drosophila grimshawi    D. grimshawi (fruit fly)        D_grimshawi     droGri
57    Drosophila melanogaster Vinegar (fruit) fly     D_melanogaster  dm      Drosophila_melanogaster
58    Drosophila mojavensis   D. mojavensis (fruit fly)       D_mojavensis    droMoj
59    Drosophila persimilis   D. persimilis (fruit fly)       D_persimilis    droPer
60    Drosophila pseudoobscura        D. pseudoobscura (fruit fly)    D_pseudoobscura dp
61    Drosophila sechellia    D. sechelia (fruit fly) D_sechellia     droSec
62    Drosophila simulans     D. simulans (fruit fly) D_simulans      droSim
63    Drosophila virilis      D. virilis (fruit fly)  D_virilis       droVir
64    Drosophila yakuba       D. yakuba (fruit fly)   D_yakuba        droYak
65    Dipodomys ordii Kangaroo rat    D_ordii dipOrd  Dipodomys_ordii
66    Ebola virus     Ebola virus     E_virus eboVir
67    Echinops telfairi       Lesser hedgehog tenrec  E_telfairi      Echinops_telfairi       echTel
68    Enhydra lutris nereis   Southern sea otter      E_lutris_nereis enhLutNer
69    Equus caballus  Horse   E_caballus      equCab  Equus_caballus
70    Erinaceus europaeus     European hedgehog       E_europaeus     eriEur  Erinaceus_europaeus
71    Escherichia coli K12-MG1655     E. coli K12-MG1655      E_coli_K12-MG1655
72    Euprymna scolopes       Hawaiian bobtail squid  E_scolopes
73    Eucalyptus grandis      Eucalyptus      E_grandis
74    Felis catus     Cat     F_catus felCat  Felis_catus
75    Ficedula albicollis     Collared flycatcher     F_albicollis
76    Fragaria vesca  Woodland strawberry     F_vesca
77    Galeopterus variegatus  Malayan flying lemur    G_variegatus    galVar
78    Gallus gallus   Chicken G_gallus        galGal  Gallus_gallus
79    Gasterosteus aculeatus  Stickleback     G_aculeatus     gasAcu  Gasterosteus_aculeatus
80    Geospiza fortis Medium ground finch     G_fortis        geoFor
81    Glycine max     Soybean G_max
82    Gorilla gorilla Western gorilla G_gorilla       gorGor  Gorilla_gorilla
83    Gadus morhua    Atlantic cod    G_morhua        gadMor
84    Gossypium hirsutum      Upland cotton   G_hirsutum
85    Gossypium raimondii     Cotton D        G_raimondii
86    Heterocephalus glaber   Naked mole rat  H_glaber        hetGla
87    Homo sapiens    Human   H_sapiens       hg      Homo_sapiens
88    Homo sapiens T2T        Human Telomere to Telomere      H_sapiens_T2T   hs
89  Hydra vulgaris  Swiftwater hydra        H_vulgaris  Hydra vulgaris  Swiftwater hydra        H_vulgaris
90  Oryzias latipes Japanese rice fish (Medaka)     O_latipes       oryLat  Oryzias_latipes oryzias_latipes  Hypsibius exemplaris Z151       Tardigrade water bear   H_exemplaris_Z151
91    Hordeum vulgare Barley  H_vulgare
92    Latimeria chalumnae     Coelacanth      L_chalumnae     latCha
93    Lemna gibba     Gibbous duckweed        L_gibba
94    Linum usitatissimum     flax    L_usitatissimum
95    Loligo pealeii  Longfin inshore squid   L_pealeii
96    Loxodonta africana      African bush elephant   L_africana      loxAfr  Loxodonta_africana
97    Lotus japonicus a model legume  L_japonicus
98    Lotmaria passim honeybee parasite       L_passim
99    Macaca fascicularis     Crab-eating macaque     M_fascicularis  macFas
100    Macaca mulatta  Rhesus monkey   M_mulatta       rheMac  Macaca_mulatta
101    Macropus eugenii        Tammar wallaby  M_eugenii       Macropus_eugenii        macEug
102    Malus domestica Borkh   Apple   M_domestica_Borkh
103    Manihot esculenta       Cassava M_esculenta
104    Manis pentadactyla      Chinese pangolin        M_pentadactyla  manPen
105    Medicago truncatula     Barrel medic    M_truncatula
106    Meleagris gallopavo     Turkey  M_gallopavo     Meleagris_gallopavo     melGal
107    Melopsittacus undulatus Budgie  M_undulatus     melUnd
108    Microcebus murinus      Gray mouse lemur        M_murinus       micMur  Microcebus_murinus
109    Mimulus guttatus        Monkey flower   M_guttatus
110    Monkeypox virus monkeypox       M_virus mpxvRivers
111    Monodelphis domestica   Opossum M_domestica_metatherian monDom
112    Monosiga brevicollis    Choanoflagellates       M_brevicollis
113    Mus musculus    House mouse     M_musculus      mm      Mus_musculus
114    Musa acuminata DH Pahang        banana  M_acuminata_DH_Pahang
115    Mustela putorius furo   Domesticated ferret     M_putorius      musFur
116    Mycobacterium abscessus M. abcessus     M_abscessus
117    Mycobacterium smegmatis M. smegmatis    M_smegmatis
118    Mycobacterium tuberculosis      M. tuberculosis M_tuberculosis
119    Myotis lucifugus        Little brown bat        M_lucifugus     Myotis_lucifugus        myoLuc
120    Nasalis larvatus        Proboscis monkey        N_larvatus      nasLar
121    Nanorana parkeri        Tibetan frog    N_parkeri       nanPar
122    Nematostella vectensis  Starlet sea anemone     N_vectensis
123    Neomonachus schauinslandi       Hawaiian monk seal      N_schauinslandi neoSch
124    Nicotiana tabacum       Tobacco N_tabacum
125    Nomascus leucogenys     Northern white-cheeked gibbon   N_leucogenys    nomLeu
126    Ochotona princeps       American pika   O_princeps      ochPri  Ochotona_princeps
127    Oreochromis niloticus   Nile tilapia    O_niloticus     oreNil
128    Ornithorhynchus anatinus        Platypus        O_anatinus      ornAna  Ornithorhynchus_anatinus
129    Oryctolagus cuniculus   European rabbit O_cuniculus     Oryctolagus_cuniculus   oryCun
130    Oryza sativa indica     Rice (indica)   O_sativa_indica
131    Oryza sativa japonica   Rice (japonica) O_sativa        O_sativa_japonica
132    Oryzias latipes Japanese medaka O_latipes       oryLat  Oryzias_latipes oryzias_latipes
133    Otolemur garnettii      Northern greater galago O_garnettii     otoGar  Otolemur_garnettii
134    Ostreococcus lucimarinus        Plankton        O_lucimarinus
135    Ovis aries      Sheep   O_aries OAR     oviAri
136    Pan paniscus    Bonobo  P_paniscus      panPan
137    Pan troglodytes Chimp   P_troglodytes   panTro  Pan_troglodytes
138    Panicum virgatum        Switchgrass     P_virgatum
139    Papio anubis    Olive baboon    P_anubis        papAnu
140    Papio hamadryas Hamadryas baboon        P_hamadryas     papHam
141    Petromyzon marinus      Lamprey P_marinus       petMar
142    Phaseolus vulgaris      Common bean     P_vulgaris
143    Physcomitrella patens   Moss    P_patens
144    Pinus taeda     Loblolly Pine   P_taeda
145    Plasmodium falciparum   Malaria parasite        P_falciparum    Pfalciparum_3D7_plasmoDB-5.4    Pfalciparum_3D7_plasmoDB-5.5
146    Pongo pygmaeus abelii   Orangutan       P_abelii        ponAbe  Pongo_pygmaeus
147    Populus trichocarpa     Black cottonwood        P_trichocarpa
148    Pristionchus pacificus  P. pacificus (nematode) P_pacificus     priPac
149    Procavia capensis       Rock hyrax      P_capensis      proCap  Procavia_capensis
150    Pseudomonas aeruginosa  P. aeruginosa   P_aeruginosa
151    Pteropus vampyrus       Large flying fox        P_vampyrus      pteVam  Pteropus_vampyrus
152    Prunus persica  Peach   P_persica
153    Ramazzottius varieornatus YOKOZUNA-1    Tardigrade      R_varieornatus_YOKOZUNA-1
154    Rattus norvegicus       Rat     R_norvegicus    rn      Rattus_norvegicus
155    Rhinopithecus roxellana Golden snub-nosed monkey        R_roxellana     rhiRox
156    Ricinus communis        Castor oil plant        R_communis
157    Saccharomyces cerevisiae        Budding Yeast   S_cerevisiae    sacCer  Saccharomyces_cerevisiae
158    Saimiri boliviensis     Squirrel monkey S_boliviensis   saiBol
159    Sarcophilus harrisii    Tasmanian devil S_harrisii      sarHar
160    SARS-CoV-2 virus        SARS-CoV-2      S_virus wuhCor
161    Schizosaccharomyces pombe       Fission Yeast   S_pombe
162    Selaginella moellendorffii      Spikemoss       S_moellendorffii
163    Setaria italica Foxtail millet  S_italica
164    Sigmodon hispidus       Cotton rat      S_hispidus
165    Sodalis glossinidius    Tsetse fly endosymbiont S_glossinidius
166    Solanum lycopersicum    Tomato  S_lycopersicum
167    Solanum tuberosum Phureja       Potato  S_tuberosum_DM
168    Sorex araneus   Eurasian shrew  S_araneus       sorAra  Sorex_araneus
169    Sorghum bicolor Sorghum S_bicolor
170    Spermophilus tridecemlineatus   Thirteen-lined ground squirrel  S_tridecemlineatus      speTri  Spermophilus_tridecemlineatus
171    Strongylocentrotus purpuratus   Purple sea urchin       S_purpuratus    strPur
172    Sus scrofa      Wild boar       S_scrofa        Sus_scrofa      susScr
173    Taeniopygia guttata     Zebra finch     T_guttata       taeGut  Taeniopygia_guttata
174    Takifugu rubripes       Fugu    T_rubripes      fr      Takifugu_rubripes
175    Tarsius syrichta        Philippine tarsier      T_syrichta      tarSyr  Tarsius_syrichta
176    Tetraodon nigroviridis  Tetraodon       T_nigroviridis  tetNig  Tetraodon_nigroviridis
177    Thamnophis sirtalis     Garter snake    T_sirtalis      thaSir
178    Thellungiella halophila Salt cress      T_halophila
179    Thellungiella parvula   Anatolian cress T_parvula
180    Thermococcus kodakaraensis KOD1 Hyperthermophilic Archaeon      T_kodakaraensis_KOD1    T. kodakaraensis_KOD1   T_kodakaraensis_KOD
181    Tribolium castaneum     Red flour beetle        T_castaneum
182    Trichechus manatus latirostris  West Indian manatee     T_manatus       triMan
183    Triticum aestivum       Common wheat    T_aestivum
184    Trypanosoma brucei      Protozoan parasites     T_brucei
185    Tupaia belangeri        Northern tree shrew     T_belangeri     tupBel  Tupaia_belangeri
186    Tursiops truncatus      Bottlenose dolphin      T_truncatus     turTru  Tursiops_truncatus
187    Vaccinium corymbosum    Blueberry       V_corymbosum
188  Vanessa cardui  Painted lady    V_cardui  Vanessa cardui  Painted lady    V_cardui
 Dama dama       Fallow deer     D_dama  
 Aedes albopictus        Asian tiger mosquito    A_albopictus  
189    Vicugna pacos   Alpaca  V_pacos vicPac  Vicugna_pacos
190    Vitis vinifera  Grape vine      V_vinifera
191    Volvox carteri  Volvox  V_carteri
192    Xenopus laevis  African clawed frog     X_laevis        xenLae
193    Xenopus tropicalis      Pipid frog      X_tropicalis    xenTro  Xenopus_tropicalis
194    Yersinia pestis Bubonic plague pathogen Y_pestis
195    Yersinia pseudotuberculosis     Y. pseudotuberculosis   Y_pseudotuberculosis
196    Yarrowia lipolytica CLIB122     CLIB122 Y_lipolytica_CLIB
197    Yarrowia lipolytica PO1f        PO1f    Y_lipolytica_PO
198    Yarrowia lipolytica WSH-Z06     WSHZ06  Y_lipolytica_WSH
199    Zea mays B73    Maize B73       Z_mays_B73

Legend:
Removed from v.229  
changed lines
  Added in v.230

  ViewVC Help
Powered by ViewVC 1.1.26